Bola založená v roku 1905, čiže krátko pred pádom poslednej čínskej cisárskej dynastie. Známa bola najmä svojou liberálnou atmosférou a výbornými akademickými pracovníkmi. V priebehu histórie bola dôležitým centrom čínskych humanitných a prírodných vied či medicíny. Za posledných sto rokov Fudan významne prispel k rozvoju krajiny a spoločnosti, ako aj k pokroku školstva, vedy a techniky. Inštitúcia kultivovala množstvo vynikajúcich talentov a nejednu významnú osobnosť modernej Číny.
V rebríčku hodnotenia najlepších čínskych univerzít sa Fudan umiestnil na štvrtej priečke a medzi ázijskými skončil na siedmom mieste. V posledných rokoch sa neustále radí medzi sto najlepších univerzít sveta. Tento fakt je jedným z najsilnejších argumentov maďarskej vládnej strany Fidesz, ktorá tvrdí, že prítomnosť takejto významnej inštitúcie v krajine bude veľkým prínosom pre celú spoločnosť.
Väčšina ľudí si povie – no a čo, veď predsa veľa univerzít má svoje oddelenia v zahraničí. Prečo je to problém? Je nutné si uvedomiť, že Fudan nie je obyčajná univerzita a Čína nie je hocaká bežná krajina. Touto školou – berúc do úvahy rozmery a kapacitu – mieri Čína na celý starý kontinent. Výsledkom môžu byť tisíce mladých Európanov, ktorí budú mať sklony osvojiť si propekinské svetonázory a praktiky. Tie potom zaplavia európske spoločnosti, inštitúcie a štátne úrady.
Cenzúra sa v Číne počas tohto storočia, paradoxne, len sprísňovala. V roku 2019 sa stanovy univerzity menili. Zmienky o tradičných akademických hodnotách ako nezávislosť myslenia a slobody prejavu boli nahradené povinnosťami dodržiavať edukačné ciele komunistickej strany a potrebou rešpektovať základy socialistických hodnôt.