Šéf Al-Kajdy Usáma bin Ládin sa zoznámil s Chálidom Šajchom Muhammadom koncom 80. rokoch počas bojov proti sovietskej okupácii v Afganistane. Spočiatku išlo len o čisto "pracovný" vzťah. Neskôr Muhammed s Al-Kajdou spolupracoval, no nebol ešte jej členom. K zlomu došlo až v roku 1996, keď si ho bin Ládin pozval do afganského komplexu Tora Bora. Tam Muhammad načrtol plán, ktorý bol základom pre atentáty na USA z 11. septembra 2001. Bin Ládin ho vyzval, aby sa pridal k Al-Kajde. Vtedy to Muhammad odmietol. Právoplatným členom sa stal až v roku 1999. Dodnes tvrdí, že formálne bin Ládinovi neprisahal vernosť.