Výberové komisie a hodnotitelia projektov sú najdôležitejším článkom procesu implementácie projektov zo štrukturálnych fondov. Problematická realizácia a slabé čerpanie zdrojov v predchádzajúcom programovacom období sú nesporným dôkazom vplyvu nekvalifikovaného výberu projektov. Takmer 75 percent neoprávnených výdavkov z overovanej vzorky v Operačnom programe Priemysel a služby v uplynulom roku len potvrdzuje, že popri nízkej úrovni riadiacich a monitorovacích procesov sa pomoc mnohým veľmi kvalitným projektom nedostala, naopak, tie slabé boli podporené.
Ministerstvá ako poskytovatelia pomoci sú povinné nastaviť vykonávacie predpisy tak, aby implementácia vo všetkých fázach a najmä v hodnotení bola transparentná a objektívna. Princípy odbornosti a transparentnosti si však každý vysvetľuje po svojom. Ministerstvo hospodárstva vydalo Štatút výberovej komisie, v ktorom stanovilo, že členmi komisie s hlasovacím právom sú odborníci v závislosti od vecného zamerania opatrenia/podopatrenia, a to zástupcovia riadiaceho orgánu, zástupcovia relevantných inštitúcií v závislosti od vecného zamerania komisie a zástupcovia vybraných VÚC spadajúcich pod cieľ Konvergencia. V dokumente sa však nedočítate, kto a podľa akých pravidiel vyberá vybrané VÚC a relevantné inštitúcie do výberových komisií. Ministerstvo si tak jednoducho môže "namixovať" výberové komisie" pre jednotlivé opatrenia/podopatrenia, ako chce. Pritom v štatúte sa deklaruje princíp partnerstva. Dokonca nestanovilo ani pomer medzi zástupcami riadiaceho orgánu, relevantných inštitúcií a vybraných VÚC v deväťčlennej komisii, čím sa môže ovplyvňovať hlasovanie. Mechanizmus rozhodovania komisií je nastavený tak, že o schválení alebo neschválení projektu môžu za určitých okolností rozhodnúť traja členovia komisie.
Kľúčovou otázkou je odbornosť člena výberovej komisie. Očakáva sa, že ak má zhodnotiť prácu externého posudzovateľa projektu, prípadne zmeniť jeho posudok na projekt, jeho teoretické a praktické skúsenosti by mali byť na vyššej úrovni. V štatúte sa síce uvádza, že členmi komisie s hlasovacím právom sú odborníci v závislosti od vecného zamerania opatrenia/podopatrenia, ale žiadne požiadavky na ich odbornosť a prax nie sú stanovené. Môže sa tak zopakovať situácia z predchádzajúceho programovacieho obdobia, keď boli ustanovené aj tzv. kinderkomisie, v ktorých niektorí členovia nemali prakticky žiadnu prax.
Okrem netransparentnosti vytvárania výberových komisií, nestanovenia podmienok odbornosti členov týchto komisií, sa podceňuje a zjednodušuje aj výber hodnotiteľov projektov. Ministerstvo hospodárstva v rámci Operačného programu Konkurencieschopnosť a hospodársky rast vyhlásilo výzvu na predkladanie žiadostí o zaradenie do databázy externých hodnotiteľov pre jednotlivé opatrenia/podopatrenia. Žiadatelia majú zasielať na "predpísanom formulári" životopisu svoje osobné údaje útvaru ministerstva, ktorý nie je oprávnený zhromažďovať a spracúvať takéto údaje. Predpísaným údajom je dokonca národnosť žiadateľa. Spôsob vyhodnocovania týchto životopisov ani spôsob zaraďovania hodnotiteľov do databázy nie je známy. Ministerstvo takýmto postupom závažným spôsobom porušuje zákon o ochrane osobných údajov.
Povinnosťou ministerstva je zabezpečiť riadne výberové konanie tak pre externých, ako aj interných hodnotiteľov projektov, so stanovením rovnakých kvalifikačných predpokladov a požadovanej praxe pre obidve skupiny. Rovnako musia byť transparentné pravidlá pre prideľovanie projektov hodnotiteľom.
Ludevit Šimun, ekonóm