NR SR prijala v roku 2002 zákon č. 511/2002 Z. z., ktorým sa s účinnosťou od 1. 1. 2003 zmenil a doplnil zákon č. 289/1995 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov. Nanovo sa upravil postup a podmienky pri odpočítavaní dane na vstupe a systém vrátenia nadmerných odpočtov. Pre uplatnenie (odpočítanie) dane na vstupe už nie je podmienkou zaplatenie tejto dane, ale jej zaúčtovanie (okrem dovozu tovaru -- tu stále platí podmienka zaplatenia). Nový systém odpočítania dane mal odstrániť zvýhodňovanie štátu vo vzťahu k podnikateľom, ktorí odvodom dane na výstupe v momente uskutočnenia zdaniteľného plnenia (bez podmienky prijatia úhrady od odberateľa) úverovali na istý čas štátny rozpočet.
Systém nadmerných odpočtov (ak daň na vstupe prevyšuje daň na výstupe) uplatňovaný do roku 2002 spôsoboval, že štátny rozpočet bol pri výbere DPH vo vnútrozemí vysoko stratový. Počnúc rokom 2003 daňový odpočet možno uplatniť len zo svojej kladnej daňovej povinnosti v nasledujúcom období. V prípade, že daňovník nemal možnosť splniť túto podmienku do piatich rokov, strácal nárok na vrátenie dane. Týmto spôsobom sa mali eliminovať tzv. nepoctiví podnikatelia, ktorí permanentne vykazovali nadmerný odpočet, čiže neprodukovali pridanú hodnotu.
Z tohto pravidla zákon pripúšťa výnimku týkajúcu sa niektorých platiteľov dane. Na nich sa vzťahuje zvýhodnený režim (aký sa používal do konca roku 2002) pri vrátení nadmerného odpočtu, to znamená, že daň sa im vráti po skončení zdaňovacieho obdobia, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, do 30 dní od podania daňového priznania. Zákon okrem pozitív (zrušenie podmienky zaplatenia dane na vstupe) mal najmä v oblasti podmienok vracania nadmerných odpočtov veľa negatív pre podnikateľov v určitých oblastiach podnikania (napr. leasingové spoločnosti, stavebné firmy a pod.). Pre mnohých z nich predstavoval nový systém vracania odpočtov riziko, že ich podnikanie bude vysoko nerentabilné a dôjde k ich likvidácii. Podnietilo to búrlivú diskusiu o "spravodlivosti" zákonných podmienok vracania nadmerných odpočtov medzi zástupcami podnikateľov, odborníkov z oblasti daňového poradenstva a následne aj tvorcami zákona.
Vo februári 2003 predložila NR SR skupina poslancov návrh novely zákona, ktorú NR s určitými úpravami schválila 9. apríla 2003. Proti prijatiu novely zákona hlasovali iba poslanci zo strany Smer a KSS. Novela zákona umožňuje vrátiť nadmerný odpočet, ak nie je možné odpočítať si ho z daňovej povinnosti, najneskôr v zdaňovacom období, v ktorom uplynie šesť mesiacov od skončenia zdaňovacieho obdobia, v ktorom nadmerný odpočet vznikol, a to do 30 dní od podania žiadosti o vrátenie nadmerného odpočtu. Odpadlo riziko, že niektorým spoločnostiam by sa nadmerný odpočet nikdy nevrátil.
V oblasti zvýhodneného režimu vracania nadmerného odpočtu -- t. j. do 30 dní po termíne na podanie daňového priznania -- sa v prípade vývozu tovaru, služieb a medzinárodnej prepravy doplnilo aj dodanie tovaru v colnom režime, aktívny zušľachťovací styk v podmienečnom systéme, ktorý predstavuje najmenej 30 % zo všetkých zdaniteľných plnení v cenách bez dane. V prípadoch vracania nadmerného odpočtu z titulu odpočítania dane pri hmotnom investičnom majetku sa nebude posudzovať len jeden kus investičného majetku, ale suma daní na vstupe pri kúpe akéhokoľvek množstva investičného majetku a tiež suma dane technického zhodnotenia.
Novela zákona je účinná od 1. júla 2003. Prechodné ustanovenia umožňujú vrátenie nadmerných odpočtov v zmysle novely spätne od januára 2003. Zmeny v zákone síce neodstránili všetky nedostatky, ale určite eliminovali tie najväčšie problémy, ktoré sa vyskytli v praxi pri aplikácii nového zákona.
StoryEditor