Konzervatívny inštitút M. R. Štefánika tvrdí, že podpora z eurofondov neprispieva k znižovaniu regionálnych rozdielov. Argumentuje tým, že europeniaze z priority Lokálna infraštruktúra počas obdobia 2004 až 2006 smerovali najmä do južných okresov Dunajská Streda, Nové Zámky, Komárno, Šaľa a Rimavská Sobota. Naopak, okresy Košice a Žarnovica nezískali podporu ani jedného projektu. Ako informoval analytik inštitút Dušan Sloboda, keď prepočítali podporu na jedného obyvateľa pre jednotlivé okresy, potvrdilo sa, že projekty z regiónov s väčším počtom nezamestnaných neboli podporované systematicky. Podľa konzervatívcov podpora z eurofondov tak môže viesť práve k prehlbovaniu regionálnych rozdielov.