Daňová kontrola firmy môže trvať najviac 12 mesiacov. Ale pozor! Ak by správca dane našiel dôvod na jej prerušenie, môže tak urobiť. V takom prípade lehota neplynie a kontrola môže vlastne trvať aj dlhšie ako jeden rok. 
Daňový poradca Milan Kúdela však upozorňuje hlavne na chyby, ktoré podnikatelia najčastejšie robia pri daňových kontrolách. Tu sú: 

• nesprávne vyplnenie alebo chybný prenos zostatkov v účtovných výkazoch, ktoré sú povinnou prílohou daňového priznania k dani z príjmov 
• chybné účtovanie v hlavnej účtovnej knihe
• chybné rozlíšenie medzi účtovaním príjmov a výdavkov (rozdiel môže ovplyvniť základ dane) 
• chyby v účtovaní odpisov majetku 
• neznalosť tvorby vnútorných smerníc alebo kalkulačných vzorcov pri účtovaní tzv. pomerových nákladov 
• neodčlenenie financií použitých na podnikateľské účely a na osobnú spotrebu v pokladnici (veľa podnikateľov si z kasy berie peniaze, takže má v nej sústavne manko) 
• nezaúčtovanie niektorých účtovných dokladov 
• chybné účtovanie DPH platiteľov tejto dane 
• nevedenie niektorých účtovných kníh, tzv. pomocnej evidencie (kniha pohľadávok a záväzkov, došlých a odoslaných faktúr a pod. ) 
• chybné účtovanie cestovných náhrad pri automobiloch (rozdielne pre automobil vložený do obchodného majetku a nevložený do obchodného majetku).

Dávať dôkazy a pýtať sa
Základnou úlohou daňovníka je niesť dôkazné bremeno a preukázať skutočnosti, ktoré sú uvedené v daňovom priznaní alebo v účtovnej, či daňovej evidencii. V celom priebehu daňovej kontroly je dôležitá komunikácia so správcom dane. „Počas kontroly môže podnikateľ predkladať vlastné dôkazy a vysvetlenia k jej zisteniam,“ upozorňuje Kúdela. Môže sa pýtať správcu dane na jeho priebežné zistenia. „Je to dôležité, lebo počas kontroly môže na jednotlivé otázky odpovedať“. Ak sa podnikateľovi nepáči postup kontrolórov, môže podať námietku, napríklad voči ich zaujatosti.  

Ak sa kontrola ignoruje
Ak daňovník nebude spolupracovať s daňovou kontrolou, úrad si môže zistiť základ dane a určiť daň podľa rôznych pomôcok. Najčastejším podkladom pri zisťovaní základu dane pre účely dane z príjmov sú daňové priznania k DPH. Daňová kontrola využíva pri určovaní dane podľa pomôcok aj podklady zo svojej dokumentácie o daňovníkovi, ako sú daňové priznania za minulé účtovné obdobia, súhrnné výkazy alebo inú dokumentáciu, ktorá obsahuje číselné výsledky podnikateľskej činnosti. Až následne správca dane využíva externé zdroje, ako sú informácie z bánk o pohybe finančných prostriedkov na účte daňovníka, vyjadrenie obce, kde má daňovník obchodné sídlo a podobne. 
„Chcem však upozorniť, že skôr, ako sa správca dane začne zaoberať určením dane pomocou pomôcok, musí sa snažiť uzavrieť s daňovníkom dohodu o výške dane. Ak sa to nepodarí, až potom nastupuje inštitút určenie dane podľa pomôcok,“ doplnil daňový poradca. 

Právo brániť sa 
Daňový úrad nemá stanovenú lehotu, do ktorej musí podnikateľa informovať o výsledku kontroly. Musí mu len doručiť protokol s výzvou na vyjadrenie a prerokovanie výsledku. Kúdela pripomína, že odo dňa jeho doručenia môže však daňový subjekt uplatniť námietku proti postupu kontroly. Potom má právo sa do 15 pracovných dní k protokolu vyjadriť, pričom zmeškanie tejto lehoty nemožno odpustiť. 
Ak sa daňovníkovi nepodarí uniesť dôkazné bremeno a bude mu daň dorúbená, alebo uložená sankcia s čím ale nebude súhlasiť, má právo využiť opravné prostriedky a napokon aj možnosť domáhať sa žalobou na súde o preskúmanie zákonnosti rozhodnutia daňovej kontroly.